Si le territoire de la commune est traversé par l'ancienne voie romaine qui reliait Mandeure à Cernay, on ne trouve pas trace de l'existence de Bessoncourt avant le IXe siècle. En effet, un acte de Louis Le Débonnaire du 21 juin 823, nomme Beyssingen comme faisant partie de la dotation attribuée à Maso, fondateur de l'abbaye de Masevaux.
Au XIIe siècle, une partie de Bessoncourt, appelé encore Bussincort, appartient à la Seigneurie de Rougemont et dépend de la mairie de Phaffans. Lorsque Belfort obtient ses franchises en 1307, Bessoncourt revient à l’Assise, un des trois districts de la Seigneurie de Belfort. En 1350, à la mort de Jeanne de Ferrette-Montbéliard, Bessoncourt passe au landgraviat de Haute-Alsace et, par conséquent, à la maison d’Autriche.
La tradition locale place la destruction du village en 1618 à la suite d'une épidémie de peste. Les victimes ensevelies au cimetière de Phaffans auraient emprunté pour leur dernier voyage la « via des morts » qui figure d'ailleurs toujours au cadastre.
En 1815, les autrichiens incendièrent le village. L’église et la plupart des maisons furent brulées
Le 31 mars 1844, la paroisse de Bessoncourt devient enfin autonome après de nombreuses tentatives depuis 1655, date à laquelle est attestée une chapelle qui dépendait alors de la paroisse de Phaffans.
Après la construction du fort de 1883 à 1886, si l'activité agricole était toujours prédominante, le village ne comptait pas moins de sept cafés-restaurants.
Venant de l’ouest, nous rencontrons la zone d’activité, puis le village. La présence de l’échangeur autoroutier a suscité l’implantation d’activités commerciales tout d’abord, un hôtel restaurant et le centre informatique Peugeot Citroën. Cette zone est actuellement en pleine extension. Les activités agricoles ne concernent plus que deux chefs d’exploitation.
Au centre du village se trouvent la mairie, la Poste, une boulangerie, un bar-restaurant.. L’artisanat à Bessoncourt est bien développé et diversifié : plombier chauffagiste, couvreur, garagiste, plâtrier, menuisier, ébéniste, décoration, entreprise de maçonnerie construction, bûcheron, taxis, revêtement de sol, photographe. On peut noter la présence d’activités libérales : médecin, cabinet d’infirmières, cabinet d’expertise comptable et kinésithérapeute ostéopathe.
La commune dispose d’un terrain de football, d’un plateau sportif au groupe scolaire, de deux courts de tennis et d’un terrain de basket. La forêt communale représente un vaste espace de loisirs, très fréquenté en raison de sa proximité de Belfort. On note également la présence d’un étang communal au bord de la rivière La Madeleine. Diverses associations existent à Bessoncourt : sociétés de pêche, de chasse, clubs sportifs (foot, tennis, musculation), l'Association Bessoncourtoise d'Animation (ABA) comprenant notamment le club de l’amitié, un club de gymnastique d’entretien, de step et de
Yoga, un atelier d’art floral et un club de marcheurs.